何回もすいません。いろいろやってみて、Trayconizerというソフトを使うと自動で起動したときにSystem Trayにミニマイズできました。やり方は、Tryconizerをインストールします。(僕の場合は、Trayconizer.exeの入ったtrayconizerフォルダーをProgram Files (x86)にコピーするだけ。)KomomiteのショートカットをStartup folderに入れて、そのショートカットのPropertiesのTargetを"C:\Program Files (x86)\trayconizer\Trayconizer.exe" -minimize "C:\Program Files (x86)\Kokomite\Kokomite.exe"にしただけです。