訂正
度々すみません。起動時の問題はこちらの環境のせいでした。
MicrosoftのFixitであっさり解決・・・
コンピューターを再起動するまで、Windows Vista または Windows 7 の通知領域にシステム アイコンが表示されない問題
http://support.microsoft.com/kb/945011/ja
(現在ページが表示されないのでGoogleキャッシュからダウンロードしました)
MacTypeをアンインストールすると症状が出なかったので、MacTypeが原因だと思い込んでいました。