チェックディスクは関係無いファイルが消える、状態の悪いHDDをさらに悪化させるなどのリスクがあります…

チェックディスクは、HDD上で破損しているファイルや異常があるフォルダの有無を検出して、異常があれば修復する（修復を試みる）ことが出来るWindows標準搭載機能です。 しかし、仰せのとおり不調なHDDに対して実行すると、更にHDDの状態を悪化させる場合もあります。 従って過信は禁物なので、日常的にバックアップを取得する習慣は必須であると思います。